Se fundó la hermandad en 1.690 para el mayor culto y veneración a Dios Nuestro Señor, en su imagen de Jesús, en su segunda caída camino del Calvario, modelada a principios del siglo XVII en ésta entonces Villa de Manzanares a expensas de Dª Catalina Martínez, viuda de D. Pedro Núñez Mayorga, allá por el año 1.608.

Como hecho histórico más importante cabe reseñar los hechos acaecidos el Viernes Santo, 31 de marzo de 1.809 cuando el párroco D. Pedro Alvarez de Sotomayor no dudó en llevar la imagen de Ntro. Padre Jesús del Perdón al paraje del Cristo de las Agonías ante la inminencia del ataque por parte de las tropas francesas, para pedir el perdón para Manzanares y según la tradición, el hecho originó el Patronazgo de Manzanares.